国家茶树育种中心安徽分中心由农业部2002年9月下文(农计函〔2002〕88号)建设,2005年12月建成,通过验收。项目总投资1000万元,其中中央投资700万元,地方投资300万元。一期(祁门)建设种质资源圃100亩、温室3000平方米、中心实验室1000平方米,购置仪器设备115台套。二期(屯溪)建设种质资源圃50亩,其中安徽省茶树地方种质资源圃占地约30亩,收集保存了全省27个主产茶叶县(市、区)茶树地方种资源920份,近10万个单株,为国内率先建立的省内茶树地方种种质资源系统性保护圃;茶树育成品种圃占地约20亩,种植保存国内茶树育成无性系品种及选育品系130份。
安徽省茶树育种分中心建成以来,在省农业农村厅、省科技厅、省农业科学院等大力支持下,开展了茶树种质资源收集、茶树新品种选育、茶树无性系良种繁育推广等大量工作。共育成茶树无性系良种23个,其中国家级茶树良种15个,省级茶树良种8个。育成的皖茶4号(又名红旗1号)年育苗3000余万株,已入选《国家农作物优良品种推广目录(2025年)》苗头型品种。其他育成新品种分别在祁门、石台、泾县、歙县、青阳、潜山、霍山等地繁育推广。